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115年度公費流感及新冠疫苗自10月1日起正式開打，接種情形踴躍，疾病管制署統計，流感疫苗接種數累計約226.7萬人次，為去年同期的1.16倍、新冠疫苗則累計逾78.1萬人次，為去年同期的1.5倍。因此，疾管署宣布，疾管署將再增購17.4萬劑Novavax XFG疫苗，並額外下訂20萬劑公費流感疫苗，另評估再增購10萬劑。
疾管署說明，為儲備不同製程之新冠疫苗以供不適合接種mRNA疫苗者接種，今年已採購20萬劑Novavax XFG疫苗，其中首批15萬劑已運抵台灣並完成封緘作業，為各縣市規劃安排接種院所，將自今年10月19日起新增提供滿12歲以上公費對象接種，另因應今年民眾接種新冠疫苗情形踴躍，疾管署將再增購17.4萬劑Novavax XFG疫苗，預計於疫苗進口並完成後續查驗及配送作業後，最快可於11月中旬提供民眾接種。如為滿12歲以上且尚未接種本季新冠疫苗的公費對象，可擇Moderna或Novavax 任一廠牌新冠疫苗接種，而滿6個月以上至11歲的公費對象，僅可接種Moderna XFG疫苗，2種疫苗均安全且可有效對抗目前之主流病毒株，請符合公費資格民眾儘速接種。
流感疫苗方面，因應流感疫情持續，以及健康幣政策提升民眾接種意願，為保障各類高風險族群健康並降低重症與死亡風險，疾管署將額外下訂20萬劑公費流感疫苗，另評估再增購10萬劑，刻洽廠商現貨供應量，如順利，預計於11月上旬配送至各地方衛生局，保障民眾接種權益。
而依據疾管署監測資料顯示，國內流感疫情緩降惟仍處流行期，第40週(10/4-10/10)類流感門急診就診計128,847人次，較前一週下降8.9%。另上週(10/6-10/12)新增144例流感併發重症病例(132例H1N1、10例A未分型、2例B型)及46例死亡(均H1N1)。
依實驗室監測資料顯示，目前社區中流行之流感病毒以A型為主，其中以A型H1N1占91.8%為高。本(115-116年)流感季累計149例重症病例(139例H1N1、9例A未分型、1例B型)及15例死亡(均H1N1)；上(114-115年)流感季累計1,887例重症病例(1,259例H1N1、511例H3N2、25例A未分型、92例B型)及409例死亡(278例H1N1、107例H3N2、12例A未分型、12例B型)，其中重症病例以65歲以上長者(占66.3%)及具慢性病史者(占83.6%)為多，67.1%未接種當季流感疫苗。
另外，國內新冠肺炎疫情下降，第40週(10/4-10/10)新冠門急診就診計5,261人次，較前一週(9/27-10/3)下降35.2%；上週(10/6-12)新增21例本土重症病例及15例本土死亡病例。 本季(2026/10/1-2027/9/30)累計31例本土重症，其中5例死亡；上一季(2025/10/1-2026/9/30)累計783例新冠併發重症本土病例，其中173例死亡，重症病例以65歲以上長者(占73.7%)及具慢性病史者(占83.0%)為多，83.8%未接種當季新冠疫苗；近4週本土病例變異株以PQ.16.1.1及NB.1.8.1為多。
近期受東北季風影響，氣溫已逐漸下降，呼吸道病毒活躍度也將隨季節變化而上升，疾管署呼籲，65歲以上長者及具慢性疾病等重症高風險族群，應儘速完成本季流感及新冠疫苗接種，獲得免疫保護力，降低感染後發生重症和死亡之風險。另外，自今(2026)年10月1日起，年滿18歲民眾完成疫苗接種就可累積「健康幣」，接種新冠、流感及肺炎鏈球菌疫苗分別可獲得900、450、600健康幣，鼓勵大家一起「顧健康」又「賺飽幣」。
